PDB数据库解析：

此博客是对我之前草稿博客：
https://blog.csdn.net/weixin_62528784/article/details/144159378?spm=1001.2014.3001.5501
的补充，
能快速回答下面问题，检验自己检索PDB数据库的能力

PDB蛋白质结构数据库(Protein Data Bank,PDB)（http://www.rcsb.org/）是美国Brookhaven国家实验室于1971年创建的，由结构生物信息学研究合作组织(Research Collaboratory for Structural Bioinformatics,RCSB)维护。PDB是目前最主要的收集生物大分子(蛋白质、核酸和糖)2.5维（以二维的形式表示三维的数据）结构的数据库，是通过X射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等实验手段确定的蛋白质、多糖、核酸、病毒等生物大分子的三维结构数据库。

三级结构数据有PDB格式和cif格式，在RCSB数据库中有的大的结构只有cif格式的文件，所以一般采用下载cif格式。在

https://www.rcsb.org/docs/programmatic-access/file-download-services

可以批量用脚本批量下载PDB数据和cif数据，也可以同步rsync数据同步到本地，保持实时更新。

对于刚使用PDB的初学者，了解PDB数据格式在菜单栏learn-》Guide to PDB data下有初步的介绍，要了解PDB格式和cif格式的文件详细信息在下面网址

http://www.wwpdb.org/documentation/file-format

中可以下载和查询帮助文档。

PDB格式文件可以下载对应的pdf帮助文档，cif则没有

cif格式的文件介绍在

https://mmcif.wwpdb.org/

uniprot是蛋白质信息汇总，其中PDB是存储晶体结构的数据库

==================》

首先需要搜索蛋白质：以CTCF为例

左侧栏：

根据左边的条件缩小范围，主要关注3点：

以6QNX为例，

https://www.rcsb.org/structure/6QNX

一，structure summary结构摘要：

右上角的数据下载链接：

其他的：

点开完整报告之后是：

1，下方是文献引用：关于该蛋白质晶体结构的原始文献出处：

2，左侧栏：

分子质量

异三聚体，3条链，且为A1B1C1各1条链

3，最下方：大分子各subunit亚基结构的分析

如果点击右下方的uniprot链接

紧接着的是对该蛋白的domain分布信息，类似与uniprot中的区域信息

同样可以找到chain B的亚基，对应B1，以及chain C的亚基

4，最后面就是实验数据收集的summary：晶体学方面的

以及版本信息：

二，structure结构

蛋白质结构的图形化界面

三，annotation注释

基本上就是结合其他数据库信息

1，domain区域注释：

2，蛋白家族注释：

3，GO基因本体论注释：类似于富集分析

还是分A1/B1/C1链

4，蛋白家族分类：

5，疾病关联：表型分析

同样是分A1B1C1各链

四，实验细节：

数据来源：x射线衍射

至于这里晶体结构上游处理的软件，可以参考我之前的博客：
https://blog.csdn.net/weixin_62528784/article/details/144698291?spm=1001.2014.3001.5501

五，蛋白质aa序列浏览器：

同样结合多种信息

六，对应编码gene的基因组浏览器：

就是基因组浏览器，类似于ucsc以及WashU

七，最后一个条目：发布版本信息

八，结合其他参考：

参考：

https://mp.weixin.qq.com/s/uzU6B8WewBYqBkA6jKL8XQ