【软件学习】GeneMiner 2：系统发育基因组学的一体化全流程分析工具

【软件学习】GeneMiner 2—— 系统发育基因组学的一体化全流程分析工具

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【软件学习】GeneMiner 2—— 系统发育基因组学的一体化全流程分析工具

所属目录：生信软件学习URL：https://blog.csdn.net/2301_78630677/article/details/142208767?spm=1011.2415.3001.5331

前言

本文主要记录本人在学习使用生信软件：GeneMiner 2 的过程。主要包括通过该项目的介绍文档，可以快速了解软件的安装和使用方法等。

参考：GeneMiner 2: 系统发育基因组学的一体化全流程分析工具 报告视频与软件源码共享

视频：HelloBD 44 GeneMiner 2: 系统发育基因组学的一体化全流程分析工具（余岩）

软件Gitee仓库链接：GeneMiner2: 系统发育基因组学工具包

一、软件了解

二、软件安装

一般都是直接安装windows版本

安装包下载网站：SourceForge

额外：如果你需要示例数据进行运行，可以选择克隆/下载源代码到本地

三、软件使用示例演示

在软件项目中，有示例demo可以运行，可以参考运行示例，了解软件的使用流程。

每个demo中都有文档介绍，按照文档进行操作即可。

注意：以下内容只是本人根据参考文档进行的演示。个人建议直接去看官方文档。

3.1 快速掌握使用方法

打开GeneMiner软件后，一般是这个界面（可以在中英文界面切换）

接下来正式开始使用了解该软件。

根据上面翻译的文档进行操作（至于示例数据需要你在前面下载源代码，使用它自带的数据进行后续操作）

本人操作的动图记录：

官方文档自带的动图记录：

3.2 获取质体基因组和质体基因

获取测序数据的质体基因

本人操作的动图记录：

官方文档自带的动图记录：

获取测序数据的质体基因组

• 获取植物叶绿体基因组

本人操作的动图记录：

官方文档自带的动图记录：

• 获取植物线粒体基因组

本人操作的动图记录：

官方文档自带的动图记录：

3.3 单拷贝基因建树流程

注意：从亲缘关系相近的物种中获得的组装后的转录数据为cds序列文件，格式为.fa

本人操作的视频记录（不知道为什么这个动图添加失败了，所以用视频代替）：

官方文档自带的动图记录：

本人操作的动图记录：

官方文档自带的动图记录：

3.4 获取被子植物353基因集

本人操作的动图记录：

官方文档自带的动图记录：

四、其他

关于这个软件的更多了解可以去看它的官方文档

有英文也有中文文档：

总结

本文主要记录了一个生信软件——GeneMiner2的了解与基础使用。它是一个用于系统发育基因组学的一体化全流程分析工具。主要用于从二代测序数据中挖掘基因，包括质体基因、单拷贝核基因等分子标记。还可以将多个分子标记进行建树。

而本文主要从软件了解、安装以及使用示例演示这三个方面对该软件进行介绍。
总之最后希望本文对你有所帮助。

–2025/5/12