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py-mmcif包refine和em_3d_reconstruction对象介绍

2025/9/26 22:16:53 来源:https://blog.csdn.net/qq_27390023/article/details/142620591  浏览:    关键词:py-mmcif包refine和em_3d_reconstruction对象介绍

在 .cif 文件中,refine 和 em_3d_reconstruction 是两个常见的对象,分别用于记录与 X 射线晶体学(X-ray crystallography)和电子显微镜(Electron Microscopy,EM)相关的结构解析信息。以下是对这两个对象的介绍:

1. refine 对象(用于X射线晶体学)

refine 对象记录了与 X 射线晶体学实验解析蛋白质结构相关的细节,通常包括分辨率、数据拟合质量、R 因子等重要信息。

常见字段:
  • ls_d_res_high: 最高分辨率,单位为 Å(通常表示结构解析的最小间距,越小表示解析精度越高)。
  • ls_d_res_low: 最低分辨率,表示测定结构的最远原子间距。
  • ls_R_factor_R_work: 工作集数据的 R 因子(反映模型与实验数据的拟合程度)。
  • ls_R_factor_R_free: 自由 R 因子(用于交叉验证的指标)。
  • ls_number_reflns_R_free: 自由集中的反射数量。
  • ls_number_reflns_R_work: 工作集中反射的数量。

这些字段能够反映蛋白质结构模型的质量,尤

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