查找rRNA：barrnap，宏转录组去除rRNA：SortMeRNA

安装 barrnap

barrnap：GitHub - tseemann/barrnap: :microscope: Bacterial ribosomal RNA predictor

mamba create -c conda-forge -c bioconda -n Barrnap perl=5 hmmer bedtools=2.27
mamba activate Barrnap
mamba install -c bioconda -c conda-forge barrnap
barrnap --help

使用 barrnap

barrnap --kingdom bac --threads 8 --outseq bac_rRNA.fasta --quiet examples/bacteria.fna > bac_rRNA.gff3

安装 SortMeRNA

SortMeRNA：GitHub - sortmerna/sortmerna：SortMeRNA：下一代序列过滤和比对工具

mkdir sortmerna
cd sortmerna# get the distro
wget https://github.com/biocore/sortmerna/releases/download/v4.3.6/sortmerna-4.3.6-Linux.sh# view the installer usage
bash sortmerna-4.3.6-Linux.sh --helpOptions: [defaults in brackets after descriptions]--help            print this message--version         print cmake installer version--prefix=dir      directory in which to install--include-subdir  include the sortmerna-4.3.6-Linux subdirectory--exclude-subdir  exclude the sortmerna-4.3.6-Linux subdirectory--skip-license    accept license# run the installer
bash sortmerna-4.3.6-Linux.sh --skip-licensesortmerna Installer Version: 4.3.6, Copyright (c) Clarity GenomicsThis is a self-extracting archive.The archive will be extracted to: $HOME/sortmernaUsing target directory: /home/biocodz/sortmernaExtracting, please wait...Unpacking finished successfully# check the installed binaries
ls -lrt bin/
sortmerna# set PATH
vim ~/.bashrc
export PATH=(whole path)/sortmerna/bin/:$PATH
source ~/.bashrc# test the installation
sortmerna --versionSortMeRNA version 4.3.6Build Date: Jul 17 2021sortmerna_build_git_sha:@921fa40256760ea2d44c49b21eb326afda748d5e@sortmerna_build_git_date:@2022/08/16 10:59:31@# view help
sortmerna -h#Please, use database.tar.gz from release 4.3.4.
wget https://github.com/biocore/sortmerna/releases/download/v4.3.4/database.tar.gz
tar -xvzf database.tar.gz # get 4 database

使用 SortMeRNA

sortmerna --ref smr_v4.3_default_db.fasta --reads READS_PATH_1 --reads READS_PATH_2 --threads 180 --workdir dir --paired_out --fastx --out2 --aligned ${num}_aligned --other ${num}_no_rRNA

--aligned: 比对上参考数据库的序列，以rRNA数据库为参考文件的话，输出的是rRNA。

--other: 与参考文件比对不上的序列，在这里就是rRNA-free的序列。用法与--aligned一样 

--paired_out: flag，表明输入的文件是双端测序文件，一端比对不上的话，把成对的reads都输出到non-aligned的文件中。要与--fastx一起用，与--paired_in相互排斥。

--paired_in: flag，表明输入的文件是双端测序文件，一端比对上就算成对的reads都比对上了。要与--fastx一起用，与--paired_out相互排斥。

 

查看out/aligned.log