软件安装
conda install -c bioconda eggnog-mapper
数据库下载
目前版本已经更新到5.0.2下载后解压缩即可
wget -c http://eggnog5.embl.de/download/emapperdb-5.0.2/eggnog.db.gz
wget -c http://eggnog5.embl.de/download/emapperdb-5.0.2/eggnog_proteins.dmnd.gz
使用方法
python /home/abc/miniconda3/bin/emapper.py -i /home/abc/Desktop/pep.fa
--output /home/abc/Desktop/At -m diamond --cpu 35
--seed_ortholog_evalue 1e-5
--dmnd_db /data/public/database/eggnog/eggnog_proteins.dmnd
--data_dir /data/public/database/eggnog
注意需要写对软件的路径及数据库相对应得路径，本次使用35个线程来进行注释还是相当快的，此外该程序对内存得占用不是很高
